该电影由ウシロシンジ、横井健司执导，户松遥、关智一、小桜エツコ、南出凌嘉、山崎贤人、斋藤工、滨边美波、黑岛结菜、泽部佑、远藤宪一、武井咲等主演，于2016年上映。在90分钟的叙事中，《妖怪手表：飞天鲸鱼与跨时空大冒险喵！》（又名：妖怪手表3：飞天巨鲸与两个世界的大冒险喵(台)）阳光明媚的樱花新镇上空，突然出现了一条硕大无比的鲸鱼。它张开大嘴，发出震耳欲聋的鸣叫。更加诡异的是，当鸣叫声过后，天野景太（户松遥 配音）和妖怪管家维斯帕（关智一 配音）发现自己竟然从二次元变成了三次元的模样。一拉就会疼的头发、手臂上细密的纹路、清晰可见的汗毛孔，前所未有的体验让景太惊诧不已。更有甚者，连维斯帕、地缚猫（小樱悦子 配音）也变成了三次元的状态。之后的时间，他们频繁穿梭于二次元和三次元两个世界，追查着这场大混乱的原因和幕后黑手…… 本片根据同名手游改编。